Giống với những cách phân ngành học thuật khác, các phân ngành của khảo cổ học được phân chia theo phương pháp nghiên cứu, loại đối tượng (phân tích công cụ đá, khảo cổ học thực vật), vị trí địa lý (Khảo cổ học Cận Đông) hay thời gian (Khảo cổ học Trung Cổ) và một số chủ đề khác (khảo cổ học chiến trường, khảo cổ học phong cảnh) đặc biệt là khảo cổ văn hóa và nền văn minh (Ai Cập học, Ấn Độ học)

Khảo cổ học lịch sử

Khảo cổ học lịch sử nghiên cứu văn hóa với một số dạng văn tự.

Khảo cổ học dân tộc

Khảo cổ học dân tộc ứng dụng phương pháp của dân tộc ký để nghiên cứu khảo cổ học.[47][48][49][50][51][52]

Khảo cổ học thí nghiệm

Khảo cổ học thí nghiệm sử dụng những phương pháp thực nghiệm khoa học để thử nghiệm và chứng minh những giả thuyết khảo cổ, nâng cao kết quả nghiên cứu.[53][54][55][56][57] Với việc thử nghiệm những kiến trúc, hiện vật được phục chế, nó làm tăng tính khoa học và nhận thức khảo cổ.

Khảo cổ khoa học

Khảo cổ khoa học ứng dụng những phương pháp khoa học vào phân tích sau khai quật, trợ giúp việc xác định niên đại hiện vật.

Quản lý di sản văn hóa